◆もう一つの濾過を生物濾過といいます。　これは何かというと、水槽内に発生したアンモニアをバクテリアによって比較的魚にとって毒性の低い硝酸塩（イオン）に変化させてもらい、無毒化することをいいます。　
　アンモニアは魚が食べ残した餌や糞が変化して水槽内に出てきます。　このアンモニアは魚にとって非常に危険な物質で魚を死なせてしまいます。　糞や餌から発生しますから発生そのものを抑えることはできません。 アンモニアは大変に危険な物質であるので、これを何とかしなければなりません。　自然界は偉大なもので、この危険なアンモニアを栄養として生きているバクテリアがいます。　これらのバクテリアは、アンモニアのある水槽内に、自然に同時に発生します。　一般には、このバクテリアにアンモニアを硝酸塩に変化させてもらい、無毒化することを生物濾過（酸化濾過)といいます。　水槽に濾過槽を作り濾材を入れるのは、これらのバクテリアにこの濾材に定着してもらうためで、住処を与えることになります。　濾材の中にバクテリアが安定して増えてくるようになると大量のアンモニアを積極的に硝酸塩に変える環境ができてくるため複数の魚を飼育することができるようになります。 　硝酸塩は魚に対して安全性が高いとされていますが、多量に蓄積されると影響が出ますので、定期的な水換えにより水槽外に廃棄します。 　このようにして、バクテリアと水替えにより水槽内の水は魚が飼育できるレベルに維持されます。

　濾過ができていないというのは、このバクテリアの発生と繁殖が少なく生物濾過の働きが十分ではないことを言います。